鸡粪的加工处理方式多种多样，有物理方法、 化学方法、微生物发酵法、多种方式综合法，其洋法与土法、古老与现代并存，各有优劣，应因地制宜。鸡粪发酵作肥料的传统老办法是，让其自然堆积发酵5~6个月，作饲料也要二十天或一个月左右，这样臭味散发,既污染环境又造成养分大量流失。而用鸡粪脱水机处理鸡粪后再用微生物发酵法处理鸡粪，不仅能加快发酵过程，缩短发酵时间，防止浪费提高鸡粪的营养价值；而且能通过发酵产生温度烘干鸡粪，节省能耗，成本低廉，操作简单，易于推广，因而受到用户欢迎
鸡粪中含有大量的微生物有害病菌，绝对不能直接施用，一定要进行深度高温发酵。一定发酵的目的主要是两个，一是杀灭有害病菌，一是将未充分消化的物质进行有机质化，增加实际有机质的含量。
发酵主要是在发酵池中进行，即将鸡粪堆积在发本酵中，最好的同时添加适量的发酵菌种，仍后用农用地膜进行膜覆盖，通常发酵的时间为10-20天。
发酵主要是在发酵池中进行，即将鸡粪堆积在发本酵中，最好的同时添加适量的发酵菌种，仍后用农用地膜进行膜覆盖，通常发酵的时间为10-20天。
鸡粪是常规畜禽粪便中营养价值最高的，因为鸡肠子相对于牛羊鹅猪而言太短，食物在肠道中逗留的时间不长， 所以鸡饲料的养分一般只能吸收其中的三分之一左右，大部分从直肠排出体外，最终造成鸡“拉出去”的都是“宝”了。
鸡粪未经过发酵处理时里面含有很多有害菌，无法直接利用，通过高温发酵后可以有效地杀死里面的有害菌，达到再利用的目的，发酵后的鸡粪可用于动物饲料和有机肥料，对于动物饲料可添加到占饲料总量百分之十几的量，由于鸡的肠胃很短，对食物消化吸收只能利用百分之五十，所以鸡粪里面含有很多营养物质，用于动物饲料将可以极大程度节省饲料成本。鸡粪中含有70%以上的水分和大量的鸡毛，在对鸡粪进行深加工前首先必不可少的就是对鸡粪进行脱水处理，也称鸡粪固液分离，鸡粪干湿分离。